En 1990, il est nommé secrétaire général de l'Agence de coopération culturelle et technique (ACCT), un poste qu'il occupera jusqu'en 1998. Au cours de son mandat de 8 ans à la tête de l'organisation internationale, devenue l'Organisation internationale de la Francophonie en 1995, il s'est donné pour tâche d'élargir la présence de l'organisation internationale des pays et Etats francophones à d'autres secteurs d'activité que le mandat initial qui lui avait été donné lors de sa formation à Niamey au Niger. C'est durant cette période que la francophonie internationale a commencé à s'intéresser à la question de la démocratisation et des Droits de l'homme, au développement économique à la télévision et aux technologies de l'information et de la communication. Il cède sa place à l'ancien secrétaire général des Nations unies, Boutros Boutros-Ghali au terme du VIIe Sommet de la Francophonie, tenu à Hanoï en novembre 1997.

M. Roy est le président du Centre de la francophonie des Amériques depuis 2008 et participe aux travaux du Centre d'études et de recherches internationales de l'Université de Montréal.