日本在5月25日解除了新冠疫情全國緊急事態宣言，安倍政權以為日本抗疫真的取得了成功，日本時間5月25日晚，安倍晉三在首相官邸舉行記者會，宣布在日本全國解除緊急事態宣言，在記者會上，安倍說：“這種只有日本才有的獨特的做法，僅僅用了1個半月，就使新冠流行大體收束。這充分體現了‘日本模式’的力量。”
於是日本開始進行文化、經濟、體育活動的逐步“鬆綁”。解除緊急事態後，疫情曾有一個階段好轉，在6月7日至13日，一周內清零的縣已經達到33個，有時一天新增感染者只有21人，但是在疫情好轉時期，日本沒有充分設計和考慮如何預防“第二波”的到來，因此疫情馬上回潮，7月22日，日本全國確診新增新冠感染人數達795人，超過自新冠流行以來的最高值，在實行7都府縣急事態宣言後的4月11日，曾達到720人，而7月22日刷新了這個紀錄，之後不斷刷新紀錄，23日又達981人，25、26日連續兩天達800以上，每天以千人的速度增長的日本疫情似乎馬上就要到來，7月21日-27日一周內，一周清零的縣只剩下四個縣。
最為嚴重的是首都東京都，東京都在4月17日新增感染者曾達到206人，為過去最高，但是7月9日新確診224人感染，打破這個紀錄，23日有366名新增感染者，到26日為止已經連續6天超過200人， 情況十分緊迫，同時日本全國也有多個府縣新增感染者創歷史新高。
但是日本中央政府為了強推振興經濟，對於感染者人數增加趨勢遠遠超過“第一波”的疫情視而不見，低估疫情的嚴重性。
7月22日，日本首相安倍晉三在政府第41次新型冠狀病毒感染症對策本部會議上，針對現在的新冠感染狀況指出：現狀正像專家們所分析和評價的那樣，雖然處於要十分警戒感染擴大的狀況，但是我們正在推進檢查體制和擴充和醫療體制的整備，根據感染主要在年輕人中擴展，重症者少等，與4月發布緊急事態宣言時的狀況是大大不同的。
但是東京都對此的認識和中央完全不同。
面對疫情反彈，東京都知事小池百合子在7月4日下午舉行的疫情發布會上表示：東京都的都民應自我約束，沒有必要和緊急的事情最好不要去其他縣府等，要為防止新冠感染症的擴大提供合作。
但是小池的說法遭到來自中央方面的反駁。經濟再生擔當相西村康稔在7月6日的電視節目中指責稱：（小池這種說法）讓地方感到感染有了很大程度的擴大，並在6日晚給小池打電話稱：政府的方針是，像從前一樣，跨縣移動是自由的。
日本官房長官菅義偉在7月7日的記者會上指出：沒有必要對人員的流動進行自我約束。他表示：希望身體出現癥狀的人，要對跨縣移動進行自我約束，但是沒有必要要求人們一律都這樣做。他還指出：西村康稔已向小池知事傳達了上述方針。
在7月15日下午召開的東京都的監測會議上公布。東京都根據專家門的評價標準，將警戒水平提高到4等級里最嚴重的一個等級，也就是“感染正在擴大”。
而在感染不斷擴大的前提下，日本政府強行推進政府補貼的旅行活動“GOTO TRAVAL”，號召大家去各地旅行，東京都知事小池百合子在則在7月13日的記者會上表示：冷房和暖房一起打開怎麼對應呢？說是“身體狀況不好的不要出門”，那麼出現無癥狀的感染者怎麼辦呢？
在15日的記者會上，她強調專家們指出沒有癥狀的感染者達到18%，提出“請再次好好考慮“GO TO TRAVAL”的實施時期和方式。
在對現在醫療體制能否對應“第二波”的評價上，中央政府認為現在的醫療體制完全可能對應“第二波”的到來。
日本官房長官菅義偉在7月7日的記者會見中談到東京都的醫療體制供應時指出：在4月下旬使用了約92%（2000張床中使用1832張）的病床，而在7月6日的時點，只使用13%（3300張床中419張），住院者中的重病者4月下旬為93人,7月6日僅為8人。
但是就在他放此豪言不久，到7月27日為止，東京入院者已達1,260 人，重症患者也達到了19人。
東京都在7月22日召開了有專家們參加的評估新型冠狀病毒感染狀況的監測會議，作為專家出席的杏林大學高度救急救命中心中心長山口芳裕針對到21日為止，東京都的入院者達到949人，是上周的1.4倍，重症患者達14人，增加了一倍等指出“醫療提供態勢是靠着各種各樣的人們堅韌的努力極力支撐住的。國家領導人所說的‘東京的醫療體制並不緊迫’是錯誤的”。
山口還指出：“疫情正在向重症化風險高的老年人群蔓延。”他說明稱：對於新冠病人來說，“入院、退院比通常的患者要進行更多的檢查與消毒等，要全力以赴，確保病床還需要花工夫讓已住院的病人移動並進行消毒等，對應的長期化已經使醫療體制相當的疲憊。”
山口指出：雖然東京都現在的醫療體制態勢的指標尚未升至最高警惕級別，但是希望這一現狀不要“被沒有想象力的人當成‘去旅遊吧、去玩吧’的依據加以使用。”
而對於政府積極推進的“GOTO TRAVAL”活動，各地也有許多反對的聲音，大阪府知事吉村洋文7月14日在首相官邸與安倍首相見面，之後他對記者們指出：“不應該馬上就從全國開始”。三重縣的知事7月22日呼籲在，從7月23日開始的4連休期間，對於訪問東京都和神奈川、千葉、及埼玉，要慎重地考慮訪問目標、必要性和訪問的手段。
長野縣25日呼籲縣民，對於最近一周10萬人口中感染者超過2.5人的13個都府縣，要重新判斷（前往）的必要性，高齡者和有重症化風險的人要考慮謹慎地行動。
目前，日本中央政府不想讓解禁緊急事態以後的經濟活動再次停滯下來，而以東京都為首的一些地方首長認為：抗疫更重要，否則經濟活動也不得不停頓下來，這些矛盾使日本抗疫陷入了混亂，失去了統一的方向。