9月14日，在東京都內的酒店，舉行了日本自民黨新的一任總裁選舉，官房長官菅義偉高票當選自民黨總裁，在9月16日召開的臨時國會上被指定為日本第99代首相。
菅義偉曾任總務大臣、郵政民營化擔當大臣等，但是沒有擔任過外交領域的閣僚，如外務大臣和防衛大臣等，也很少與外國首腦進行個人交往，在外交方面似乎沒有什麼具有個性和特別鮮明的觀點，因此人們普遍對他的外交手腕錶示擔心。
在新型冠狀肺炎流行以後，世界的整個格局發生了巨大的變化，尤其是中美關係尖銳對立，中國和美國、歐洲在意識形態上的對立日益加深，和周邊國家的領土紛爭也日益激烈，怎樣把握這樣的風雲突變的國際形勢，展開日本的安全保障和外交，是一個十分艱難的課題。
首先在對美關係上，菅義偉主張以日美關係為外交的基礎，繼承安倍的外交路線，但是目前美國與中國尖銳對立，如果美國在亞洲要建立“亞太版北約”，日本該怎麼辦？美國國務院常務副國務卿比根（Stephen Biegun）8月31日曾表示，華盛頓的目標是將與印度、日本和澳大利亞建立更緊密的印太防務關係，即將“四方安全對話”或稱“四國機制”（The Quadrilateral Security Dialogue，簡稱Quad）正規化，使之更接近於北約，明確指出要建立“亞太版北約”，而在經濟上，在新冠流行以後，日本對世界上唯一一個經濟出現正增長的最大的貿易夥伴和巨大的市場—中國的依賴度更高，日本7月時隔3個月出現貿易順差，依賴於對中國的出口增加，面向經濟開始擺脫新冠疫情影響經濟逐步好轉的中國，出口時隔6個月轉增，而對美出口到7月為止連續12個月走低，如果美國逼着日本和中國進一步對立，日本該怎麼辦呢？再一個就是新冠危機使美國經濟和財政一落千丈，在日美防衛上，如果特朗普當選，一定會強迫日本增加防衛負擔。有關防衛的《日美特別協定》每5年簽訂一次，現行特別協定的期限到2021年3月底到期，而新的《日美特別協定》敲定2021年度以後5年內日本對駐日美軍駐留經費的負擔比例等，目前經濟和財政上同樣在新冠疫情中遭受重創的日本將怎樣對應？這些都使日本膽戰心驚，而菅義偉還沒有來得及和美國首腦建立像安倍與特朗普那樣的穩固和親密的個人關係，面對日美關係，菅義偉處理起來要比安倍時代棘手得多？
在對華關係上，日本在新冠以後表現出了要在中美之間做“調節人”的姿態，在中美在新型冠狀病毒於世界蔓延中尖銳對立之後，菅義偉在7月27日的記者會上，針對中美關係對立不斷升級指出：現在新型冠狀病毒感染在全世界蔓延，國際合作愈發顯得重要，世界第一、第二經濟大國的美中關係之安定對國際社會是極其重要的。
菅義偉指出:作為我國，與同盟國美國在強韌的信任關係的基礎上，推進着在各領域中的合作，同時也與中國進行意見溝通，我們的這種想法沒有改變。
但日中間在新冠流行以後在釣魚島問題對立尖銳化，中國海警船從4月14日至8月2日連續在釣魚島周邊續航達111天，史上最長，5月上旬還接近作業中的日本漁船進行追逐，增加了日本對釣魚島的危機感，防衛大臣河野太郎曾考慮8月上旬在釣魚島上空視察。
一方面，在經濟上對中國有很大的依賴性，另一方面又要依靠美國在領土問題上等與中國對峙，沒有很多外交經驗的菅義偉，怎樣把握這個“火候”，十分引人注目。
面對另一個鄰國韓國，也是問題堆積如山，如慰安婦問題、韓國海軍驅逐艦用火控雷達照射日本海上自衛隊偵察機問題、戰時強征勞工判決問題、日本把韓國從出口審查優惠國的“白名單國”中剔除問題、韓國欲廢棄與日本締結的《軍事情報保護協定》（GSOMIA）等等，無不是非常難以解決的外交問題。
而朝鮮綁架日本人問題、與俄羅斯之間的歸還北方領土問題，在安倍任首相的時代就沒有進展，到了菅義偉時代，國際格局顯現出了以意識形態畫分陣營的趨勢，中、俄、朝與美國及西方自由世界的對立會更加尖銳化，這些問題也就更是難以解決。